Опыт организации мониторинга вирусов диких животных, потенциально опасных для человека и сельскохозяйственных животных: организация сбора полевого материала

Цель. Дикие животные представляют собой важный природный резервуар для опасных вирусов. Их миграция и взаимодействие с домашними или сельскохозяйственными животными и человеком, создают условия для передачи и распространения зоонозных инфекций. Это подчеркивает важность и необходимость мониторинга и исследований в этой области для предотвращения потенциальных вспышек заболеваний человека и животных. В связи с этим встает важный вопрос, как правильно организовать сбор образцов от диких животных, поскольку это первый и наиболее важный этап мониторинга за патогенами и в зависимости от его оптимального выполнения мы получим в дальнейшем адекватные результаты о вирусных патогенах, заносимых или циркулирующих на исследуемой территории.
В данной аналитической работе мы постарались обобщить наш двадцатипятилетний опыт изучения вирусных патогенов у диких животных практически на всей территории России. Обоснован выбор ключевых мест сбора образцов (локаций) для мониторинга за зоонозными инфекциями у летучих мышей и птиц. Определены периоды для основного сбора образцов, в зависимости от региона. Описаны критерии выбора списка видов птиц и летучих мышей и количества отбираемых образцов.
Сбор полевого материала от объектов живой природы является базовой и очень важной для мониторинговых исследований по циркуляции вирусных патогенов у диких животных задачей. Неправильный сбор может привести к ошибочным результатам и соответственно к неправильным выводам о наличии потенциально опасных вирусов на обследуемой территории.

1. Львов Д.К., Ильичев В.Д. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекции: (Экол.‐геогр. связи птиц с возбудителями инфекции). Москва: Наука, 1979. 270 с.

2. Daszak P., Cunningham A.A., Hyatt A.D. Anthropogenic environmental change and the emergence of infectious diseases in wildlife // Acta Tropica. 2001. V. 78. Iss. 2. P. 103–116. https://doi.org/10.1016/s0001‐706x(00)00179‐0

3. Daszak P., Epstein J.H., Kilpatrick A.M., Aguirre A.A., Karesh W.B., Cunningham A.A. Collaborative research approaches to the role of wildlife in zoonotic disease emergence // Current Topics in Microbiology and Immunology. 2007. V. 315. P. 463–475. https://doi.org/10.1007/978‐3‐540‐70962‐6_18

4. Шестопалов А.М., Алексеев А.Ю., Глупов В.В., Воевода М.И. Миграции диких животных как потенциальная угроза заноса новых вирусов на территорию России // Вестник РАН. 2022. T. 92. N 8. C. 766–774. https://doi.org/10.1134/S1019331622040220

5. Taylor L.H., Latham S.M., Woolhouse M.E.J. Risk factors for human disease emergence // Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 2001. V. 356 (1411). P. 983– 989. https://doi.org/10.1098/rstb.2001.0888

6. Jones K.E., Patel N.G., Levy M., Storeygard A., Balk D., Gittleman J.L., Daszak P. Global trends in emerging infectious diseases // Nature. 2008. V. 451(7181). P. 990–993. https://doi.org/10.1038/nature06536

7. Schatz J., Fooks A.R., McElhinney L., Horton D., Echevarria J., Vázquez‐Moron S., Kooi E.A., Rasmussen T.B., Müller T., Freuling C.M. Bat rabies surveillance in Europe // Zoonoses and Public Health. 2013. V. 60(1). P. 22–34. https://doi.org/10.1111/zph.12002

8. Latinne A., Hu B., Olival K.J., Zhu G., Zhang L.‐B., Li H., Chmura A.A., Field H.E., Zambrana‐Torrelio C., Epstein J.H., Li B., Zhang W., Wang L.‐F., Shi Z.‐L., Daszak P. Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China // Nature Communications. 2024. V. 15. Article number: 10705. https://doi.org/10.1038/s41467‐024‐55384‐7

9. Olsen B., Munster V.J., Wallensten A., Waldenström J., Osterhaus A.D.M.E., Fouchier R.A.M. Global patterns of influenza A virus in wild birds // Science. 2006. V. 312(5772). P. 384–388. https://doi.org/10.1126/science.1122438

10. Hesterberg U., Harris K., Stroud D.A., Guberti V., Busani L., Pittman M., Piazza V., Cook A., Brown I. Avian influenza surveillance in wild birds in the European Union in 2006 // Influenza and Other Respiratory Viruses. 2009. V. 3(6). P. 271–279. https://doi.org/10.1111/j.1750‐2659.2008.00058.x

11. Pannwitz G., Wolf C., Harder T. Active surveillance for avian influenza virus infection in wild birds by analysis of hunter‐ harvested specimens in Germany, 2006–2008 // Journal of Wildlife Diseases. 2009. V. 45(2). P. 421–426. https://doi.org/10.7589/0090‐3558‐45.2.421

12. Han H.J., Wen H.L., Zhou C.M., Chen F.F., Luo L.M., Liu J.W., Yu X.J. Bats as reservoirs of severe emerging infectious diseases // Virus Research. 2015. V. 205. Iss. 2. P. 1–6. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2015.05.006

13. Иваницкий А.Н., Алексеев А.Ю. Распространение рукокрылых в субтропических районах Черноморья и прилежащих территориях // Юг России: экология, развитие. 2023. Т. 18. N 4. C. 8–30. https://doi.org/10.18470/1992‐1098‐2023‐4‐8‐30

14. Смирнов Д.Г., Джамирзоев Г.С., Вехник В.П., Быков Ю.А., Газарян С.В. Оценка изученности фауны рукокрылых (Chiroptera) Дагестана // Russian Journal of Ecosystem Ecology. 2021. N 4. https://doi.org/10.21685/2500‐0578‐2021‐4‐1

15. Снитько В.П. Летние местообитания оседлых видов рукокрылых на Южном Урале // Plecotus et al. 2005. N 8. С. 43–53.

16. Жигалин А.В., Гаджиев А.А., Даудова М.Г., Салимханов Н.Г., Шестопалов А.М. Экология рукокрылых Алтае‐Саянской горной страны юга Сибири // Юг России: экология, развитие. 2019. Т. 14. N 1. C. 9–25. https://doi.org/10.18470/1992‐1098‐2019‐1‐9‐25

17. Ботвинкин А.Д., Беликов Д.С., Казаков Д.В., Матвеев В.А., Росина В.В., Хатсон А.М., Шумкина А.П. Разнообразие и относительное обилие рукокрылых в южном Прибайкалье в местообитаниях с различной степенью урбанизации // Байкальский зоологический журнал. 2016. T. 19. N 2. C. 101– 106.

18. Картавцева И.В., Горобейко У.В., Тиунов М.П. Современное состояние хромосомных исследований рукокрылых (Chiroptera) Дальнего востока России // Зоологический журнал. 2014. T. 93. N 7. C. 1–14.

19. Newman S.H., Field H.E., de Jong C.E., Epstein J.H. Investigating the role of bats in emerging zoonoses: Balancing ecology, conservation and public health interests // Food and Agricultural Organization of the United Nations. Rome: FAO Animal Production and Health Manual N 12, 2011.

20. Sasaki M., Setiyono A., Handharyani E., Rahmadani I., Taha S., Adiani S., Subangkit M., Sawa H., Nakamura I., Kimura T. Molecular detection of a novel paramyxovirus in fruit bats from Indonesia // Virology Journal. 2012. Iss. 9. Article number: 240. https://doi.org/10.1186/1743‐422X‐9‐240

21. Irving A.T., Ahn M., Goh G., Anderson D.E., Wang L.F. Lessons from the host defences of bats, a unique viral reservoir // Nature. 2021. Iss. 589. P. 363–370. https://doi.org/10.1038/s41586‐020‐03128‐0

22. Streicker D.G., Turmelle A.S., Vonhof M.J., Kuzmin I.V., McCracken G.F., Rupprecht C.E. Host phylogeny constrains cross‐ species emergence and establishment of rabies virus in bats // Science. 2010. V. 329. Iss. 5992. P. 676–679. https://doi.org/10.1126/science.1188836

23. Chan J.F., To K.K., Chen H., Yuen K.Y. Cross‐species transmission and emergence of novel viruses from birds // Current Opinion in Virology. 2015. V. 10. P. 63–69. https://doi.org/10.1016/j.coviro.2015.01.006

24. Verhagen J.H., Fouchier R.A.M., Lewis N. Highly Pathogenic Avian Influenza Viruses at the Wild‐Domestic Bird Interface in Europe: Future Directions for Research and Surveillance // Viruses. 2021. V. 13(2). P. 212. https://doi.org/10.3390/v13020212

25. Hesterberg U., Harris K., Stroud D., Guberti V., Busani L., Pittman M., Piazza V., Cook A., Brown I. Avian influenza surveillance in wild birds in the European Union in 2006 // Influenza Other Respir Viruses. 2009. V. 3. Iss. 1. P. 1–14. https://doi.org/10.1111/j.1750‐2659.2008.00058.x

26. Snit’ko V.P. Bats (Chiroptera, Vespertilionidae) from the Cis-Urals and South Urals (Republic of Bashkortostan) // Biology Bulletin. 2016. Iss. 43. P. 587–598. https://doi.org/10.1134/S1062359016070177

27. Pannwitz G., Wolf C., Harder T. Active surveillance for avian influenza virus infection in wild birds by analysis of hunter‐ harvested specimens in Germany, 2006–2008 // Journal of Wildlife Diseases. 2009. V. 45. Iss. 2. P. 421–426. https://doi.org/10.7589/0090‐3558‐45.2.421

28. Machalaba C.C., Elwood S.E., Forcella S., Smith K.M., Hamilton K., Jebara K.B., Swayne D.E., Webby R.J., Mumford E., Mazet J.A., Gaidet N., Daszak P., Karesh W.B. Global avian influenza surveillance in wild birds: a strategy to capture viral diversity // Emerging Infectious Diseases. 2015. V. 21. Iss. 4. P. e1–e7. https://doi.org/10.3201/eid2104.141415

29. Verhagen J.H., Fouchier R.A.M., Lewis N. Highly pathogenic avian influenza viruses at the wild–domestic bird interface in Europe // Viruses. 2021. V. 13. Iss. 2. P. 212. https://doi.org/10.3390/v13020212

30. Veen J., Yurlov A.K., Delany S., Mihantiev A.I., Selivanova M., Boere G.C. An Atlas of Movements of Southwest Siberian Waterbirds. Wageningen: Wetlands International. Netherlands. 2005. 60 p.

31. Boere G.C., Galbraith C.A., Stroud D.A. Waterbirds around the world. Edinburgh: TSO Scotland Ltd. UK. 2006. 940 p.

32. Rozenfeld S.B., Strelnikov E.G., Volkov S.V. Migration routes and key stopovers of Anser fabalis fabalis (Anseriformes): critical protection gaps // Nature Conservation Research: Заповедная наука. 2024. V. 9. Iss. 4. P. 80–92. https://doi.org/10.24189/ncr.2024.033

33. Boere G.C., Galbraith C.A., Stroud D.A. A Bird’s-Eye View on Flyways: A Brief Tour by the Convention on Migratory Species of Wild Animals (second edition). Bonn: UNEP/ CMS Secretariat, Germany. 2012. 64 p. URL: https://www.cms.int/sites/default/files/publication/cms_pub_pop-series_bird-eye-view-flyways_2ed_web.pdf (дата обращения: 12.04.2025)

34. Verhagen J.H., Fouchier R.A.M., Lewis N. Highly pathogenic avian influenza viruses at the wild–domestic bird interface in Europe: Future Directions for Research and Surveillance // Viruses. 2021. V. 13. Iss. 2. P. 212. https://doi.org/10.3390/v13020212

35. Klenina A.A., Ruchin A., Bykov E. Occurrence of the birds of the Middle Volga Region (South‐East of the European part of Russia) // Biodiversity Data Journal. 2021. V. 9. Article number: e72075. https://doi.org/10.3897/BDJ.9.e72075

36. Golubev S. Status of the Pallas’s Gull Ichthyaetus ichthyaetus during Summer/Autumn in the Fairway Volga–Kama Reservoirs (East European Plain) in Russia // Birds. 2023. N 4. P. 46–60. https://doi.org/10.3390/birds4010004

37. Zakharov V.D. The influence of climate change on the dates of bird arrival to the Ilmen State Reserve, Southern Urals // Russian Journal of Ecology. 2016. V. 47. P. 543–550. https://doi.org/10.1134/S1067413616060138

38. Юрлов К.Т. Экология и биоценотические связи перелетных птиц Западной Сибири. Новосибирск: Наука: Сиб. отделение, 1981. 288 с.

39. Онищенко Г.Г., Бережнов С.П., Шестопалов А.М., Алексеев А.Ю., Терновой В.A., Хайтович А.Б., Кровякова М.Т., Нетесов С.В., Дроздов И.Г. Молекулярно‐биологический анализ изолятов вируса гриппа, вызвавших эпизоотии на Юге Западной Сибири и в Республике Крым // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2007. N 5. С. 28–32.

40. Мельников Ю.И. Водоплавающие птицы Прибайкалья: пространственная структура и успешность размножения // Известия Иркутского государственного университета: Серия «Биология. Экология». 2010. Т. 3. N 1. C. 49–59.

41. Дегтярев А.Г. Охотничье‐промысловые птицы Республики Саха (Якутия). Якутск: Издательство СО РАН, 2004. 142 c.

42. Shan T., Yang S., Wang H., Wang H., Zhang J., Gong G., Xiao Y., Yang J., Wang X., Lu J., Zhao M., Yang Z., Lu X., Dai Z., He Y., Chen X., Zhou R., Yao Y., Kong N., Zeng J., Ullah K., Wang X., Shen Q., Deng X., Zhang J., Delwart E., Tong G., Zhang W. Virome in the cloaca of wild and breeding birds revealed a diversity of significant viruses // Microbiome. 2022. V. 10. Iss. 1. P. 60. https://doi.org/10.1186/s40168‐022‐01246‐7

43. Michel F., Fischer D., Eiden M., Fast C., Reuschel M., Müller K., Rinder M., Urbaniak S., Brandes F., Schwehn R., Lühken R., Groschup M.H., Ziegler U. West Nile Virus and Usutu Virus Monitoring of Wild Birds in Germany // International Journal of Environmental Research and Public Health. 2018. V. 15. Iss. 1. P. 171. https://doi.org/10.3390/ijerph15010171

44. Chamings A., Nelson T.M., Vibin J., Wille M., Klaassen M., Alexandersen S. Detection and characterisation of coronaviruses in migratory and non‐migratory Australian wild birds // Scientific Reports. 2018. V. 8. Article number: 5980. https://doi.org/10.1038/s41598‐018‐24407‐x

45. Ng D.Y.M., Sun W., Sit T.H.C., Brackman C.J., Tse A.C.N., Bui C.H.T., Tang A.W.Y., Wong A.N.C., Tsang A.T.L., Koo J.C.T., Cheng S.M.S., Peiris M., Samborskiy D.V., Gorbalenya A.E., Chin A.W.H., Poon L.L.M. Surveillance of coronaviruses in wild aquatic birds in Hong Kong: expanded genetic diversity and discovery of novel subgenus in the Deltacoronavirus // Virus Evolution. 2025. V. 11. Iss. 1. Article number: veaf049. https://doi.org/10.1093/ve/veaf049