In silico моделирование влияния мутации N294S на взаимодействие нейраминидазы N8 вируса гриппа с занамивиром

Целью является исследование in silico, направленное на изучение взаимодействия нейраминидазы вируса гриппа птиц A/H5N8 с занамивиром с помощью методов сравнительного моделирования и молекулярного докинга. В работе рассматривали штаммы вируса гриппа птиц A/chicken/Tatarstan/88/2017 (дикий тип), A/chicken/Tatarstan/112/2017 (мутация N294S) в комплексе с ингибитором нейраминидазы занамивиром. В результате были получены структуры комплексов нейраминидазы двух штаммов вируса гриппа птиц A/H5N8 с занамивиром, проведен анализ данных. Использование таких методов как сравнительное моделирование и молекулярный докинг дает информацию о сродстве при взаимодействии с ингибиторами. Полученные данные можно использовать для дальнейшей работы по определению структур и выяснению возможных механизмов резистентности нейраминидазы.

1. Swayne D.E., ed. Avian influenza. John Wiley & Sons, 2009.

2. Ku K.B. et al. Highly pathogenic avian influenza A (H5N8) virus from waterfowl, South Korea, 2014 // Emerging infectious diseases. 2014. V. 20. N 9. P. 1587.

3. Chang N. et al. Novel reassortment 2.3. 4.4 b H5N8 highly pathogenic avian influenza viruses circulating in Xinjiang, China // Preventive Veterinary Medicine. 2022. V. 199. Article id: 105564.

4. Lee D.H. et al. Novel reassortant clade 2.3. 4.4 avian influenza A (H5N8) virus in wild aquatic birds, Russia, 2016 // Emerging Infectious Diseases. 2017. V. 23. N 2. P. 359.

5. Zhao K. et al. Characterization of three H5N5 and one H5N8 highly pathogenic avian influenza viruses in China // Veterinary microbiology. 2013. V. 163. N 3‐4. P. 351–357.

6. Pyankova O.G. et al. Isolation of clade 2.3. 4.4 b A (H5N8), a highly pathogenic avian influenza virus, from a worker during an outbreak on a poultry farm, Russia, December 2020 // Eurosurveillance. 2021. V. 26. N 24. Article id: 2100439.

7. Earhart K.C. et al. Oseltamivir resistance mutation N294S in human influenza A(H5N1) virus in Egypt // J Infect Public Health. 2009. V. 2. N. 2. P. 74–80. doi:10.1016/j.jiph.2009.04.004

8. Collins P. et al. Crystal structures of oseltamivirresistant influenza virus neuraminidase mutants // Nature. 2008. V. 453. P. 1258–1261. https://doi.org/10.1038/nature06956

9. Yang H. et al. Molecular characterizations of surface proteins hemagglutinin and neuraminidase from recent H5Nx avian influenza viruses // Journal of virology. 2016. V. 90. N 12. P. 5770–5784.

10. Svyatchenko S.V. et al. An influenza A (H5N8) virus isolated during an outbreak at a poultry farm in Russia in 2017 has an N294S substitution in the neuraminidase and shows reduced susceptibility to oseltamivir // Antiviral Research. 2021. V. 191. Article id: 105079.