Актуальность использования методов молекулярной эпидемиологии ВИЧ для характеристики территориальных эпидемий: Сахалинская область

Цель. Исследовать молекулярно-эпидемиологические особенности территориального распространения ВИЧ-инфекции в Сахалинской области.
Материалы и методы. Выполнен комплексный анализ молекулярно-генетических характеристик ВИЧ-1 и клинико-эпидемиологических данных 64 ВИЧ-инфицированных жителей Сахалинской области. Нуклеотидные последовательности области гена pol, кодирующей протеазу, обратную транскриптазу и интегразу ВИЧ-1 получали секвенированием амплифицированных фрагментов вируса. Генотипирование, филогенетический и мутационный анализы проводили с использованием специализированных программных ресурсов.
Результаты. Среди исследованных ВИЧ-1 в 81,3 % случаев выявлены ВИЧ-1 субтипа А6, 58,4 % из них достоверно кластеризовалось в группы близких ВИЧ, что указывает на развитие внутренних эпидемических сетей распространения инфекции. Дополнительно обнаружены ВИЧ-1 CRF63_02A6 и 06_cpx по 4,7 % каждого варианта, субтипа B и B/G по 3,1 %, субтипов С и А1 по 1,6 %. В группе МСМ выявлены ВИЧ-1 А6, варианты B/G и субтип А1, близкий к средиземноморским ВИЧ из Греции и Кипра. Наивные пациенты в 10,8 % имели ВИЧ с мутацией K103N, в одном случае выделен ВИЧ с множественной лекарственной устойчивостью.
Заключение. Современная территориальная эпидемия ВИЧ-инфекции в Сахалинской области характеризуется наличием внутренних эпидемических сетей, регистрацией и распространением завозных ВИЧ. Ключевые группы населения с ВИЧ-инфекцией требуют особого внимания в связи с зарегистрированной передачей резистентных к АРТ вирусов. Изучение особенностей распространения ВИЧ-инфекции в отдельных регионах России важно для разработки эффективных мероприятий, направленных на прекращение передачи ВИЧ в стране.

1. Ладная Н.Н., Покровский В.В., Соколова Е.В., Чекрыжова Д.Г., Киржанова В.В. Распространение инфекции, вызываемой вирусом иммунного дефицита человека, на территориях Российской Федерации в 2021 г // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2022. Т. 12. N 3. С. 12–18. DOI: 10.18565/epidem.2022.12.3 12–8

2. Los Alamos National Laboratory HIV Sequence Database URL: https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/mainpage.html (дата обращения: 14.08.2023)

3. Bbosa N., Kaleebu P., Ssemwanga D. HIV subtype diversity worldwide // Current Opinion in HIV and AIDS. 2019. T. 14. N 3. C. 153–160. DOI: 10.1097/COH.0000000000000534

4. Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в Сахалинской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017. T. 9. N 3. С. 113–120. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120

5. Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11 // Molecular Biology and Evolution. 2021. V. 38. Iss. 7. P. 3022–3027. https://doi.org/10.1093/molbev/msab120

6. Nguyen L.T., Schmidt H.A., Von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015. V. 32. Iss. 1. P. 268–274. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300

7. Tang M.W., Liu T.F., Shafer R.W. The HIVdb system for HIV-1 genotypic resistance interpretation // Intervirology. 2012. V. 55. Iss. 2. P. 98–101. https://doi.org/10.1159/000331998

8. Bennett D.E., Camacho R.J., Otelea D., Kuritzkes D.R., Fleury H., et al. Drug resistance mutations for surveillance of transmitted HIV-1 drug-resistance: 2009 update // PLoS One. 2009. V. 4. N 3. Article Id: e4724. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004724

9. Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Янович О.А., Щиканов Ю.В., Павлова М.Н., Шмакова Т.И. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Еврейской автономной области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. Т. 10. N 4. С. 90–99. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2018-10-4-90-99

10. Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Archives of Virology. 2012. N 157. P. 2335–2341. DOI: 10.1007/s00705-012-1442-4

11. Sivay M.V., Maksimenko L.V., Osipova I.P., Nefedova A.A., Gashnikova M.P., Zyryanova D.P., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Nalimova T.M., Ivlev V.V., Kapustin D.V., Pozdnyakova L.L., Skudarnov S.E., Ostapova T.S., Yaschenko S.V., Nazarova O.I., Chernov A.S., Ismailova T.N., Maksutov R.A., Gashnikova N.M. Spatiotemporal dynamics of HIV-1 CRF63_02A6 sub-epidemic // Frontiers in Microbiology. 2022. V. 13. https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.946787

12. Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Рукавицин Д.В., и др. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России) // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59. N 4. С. 31–36.

13. Троценко О.Е., Корита Т.В., Сапега Е.Ю., Котова В.О., Балахонцева Л.А., Бутакова Л.В., Базыкина Е.А. Обзор научно-практических результатов деятельности Хабаровского НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора, полученных в 2022 году с использованием молекулярно-генетических технологий // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2023. Т. 44. С. 5–11.

14. van de Klundert M.A.A., Antonova A., Di Teodoro G., Ceña Diez R., Chkhartishvili N., Heger E., Kuznetsova A., Lebedev A., Narayanan A., Ozhmegova E., et al. Molecular epidemiology of HIV-1 in Eastern Europe and Russia // Viruses. 2022. V. 14. Iss. 10. https://doi.org/10.3390/v14102099