Каталог вирусов рукокрылых (2020)

Цель. Цель настоящей работы заключается в анализе представленности вирусов рукокрылых (Chiroptera) в различных таксонах царства Virae.

Обсуждение. На сегодняшний день, с рукокрылыми связаны 260 вирусов, входящих в 19 отрядов, 28 семейств (9 ДНК-содержащих и 19 РНК-содержащих) и 61 род (18 ДНК-содержащих и 43 РНК-содержащих). В это число включены вирусы, аннотированные Международным Комитетом по таксономии вирусов (исключая синонимичные виды), для которых проведена верификация таксономического статуса с помощью секвенирования субгеномных или полногеномных нуклеотидных последовательностей. Обращает на себя внимание большое количество неидентифицированных штаммов от рукокрылых – по-видимому, среди них содержится немало будущих прототипных вирусов для новых таксонов.

Заключение. Представленные в настоящей работе данные несомненно будут расширены уже в ближайшее время. Это связано с необходимостью совершенствования системы предупреждения опасных эпидемических и пандемических ситуаций, в первую очередь, – путём повышения внимания к вирусам рукокрылых. Поэтому представленный в данной работе Каталог вирусов рукокрылых, известных к середине 2020 г., может рассматриваться как своеобразная «стартовая точка» грядущих исследований в этой области.

1. World Health Organization. Coronavirus disease 2019 (COVID-19). Situation Report 51 (11 March, 2020). URL: https://www.who.int/docs/defaultsource/coronaviruse/situation-reports/20200311sitrep-51-covid-19.pdf?sfvrsn=1ba62e57_10 (дата обращения: 06.06.2020)

2. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А., Кружкова И.С., Малеев В.В. COVID-19: этиология, клиника, лечение // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10. N 3. C. 421-445. DOI: 10.15789/2220-7619-CEC-1473

3. Lu R., Zhao X., Li J., Niu P., Yang B., Wu H., Wang W., Song H., Huang B., Zhu N., Bi Y., Ma X., Zhan F., Wang L., Hu T., Zhou H., Hu Z., Zhou W., Zhao L., Chen J., Meng Y., Wang J., Lin Y., Yuan J., Xie Z., Ma J., Liu W.J., Wang D., Xu W., Holmes E.C., Gao G.F., Wu G., Chen W., Shi W., Tan W. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding // Lancet. 2020. V. 395. Iss. 10224. P. 565-574. DOI: 10.1016/S01406736(20)30251-8

4. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г., Акимкин В.Г., Малеев В.В. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) // Инфекция и иммунитет. 2020. Т. 10. N 2. С. 221-246. DOI: 10.15789/2220-7619-HOI1412

5. Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.R., Zhu Y., Li B., Huang C.L., Chen H.D., Chen J., Luo Y., Guo H., Jiang R.D., Liu M.Q., Chen Y., Shen X.R., Wang X., Zheng X.S., Zhao K., Chen Q.J., Deng F., Liu L.L., Yan B., Zhan F.X., Wang Y.Y., Xiao G.F., Shi Z.L. A pneomonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin // Nature. 2020. V. 579. N 7798. P. 270-273. DOI: 10.1038/s41586-0202012-7

6. Шестопалов А.М., Кононова Ю.В., Гаджиев А.А., Гуляева М.А., Маранди М., Алексеев А.Ю., Джамалутдинов Д.М., Щелканов М.Ю. Биоразнообразие и эпидемический потенциал коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) рукокрылых // Юг России: экология, развитие. 2020. Т. 15. N 2. C. 17-34. DOI: 10.18470/1992-1098-2020-217-34

7. World Health Organization. Summary of probable SARS cases with onset of illness from 1 November 2002 to 31 July 2003 (based on data as of the 31 December 2003). URL: https://www.who.int/csr/sars/country/table2004_04_21/en/ (дата обращения: 06.06.2020)

8. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности // Лечащий врач. 2013. N 10. С. 49-54.

9. Tong S., Li Y., Rivailler P., Conrardy C., Alvarez Castillo D.A., Chen l.-M., Recuenco S., Ellison J.A., Davis C.T., York I.A., Turmelle A.S., Moran D., Rogers S., Shi M., Tao Y., Weil M.R., Tang K., Rowe L.A., Sammons S., Xu X., Frace M., Lindblade K.A., Cox N.J., Anderson L.J., Rupprecht C.E., Donis R.O. A distinct lineage of influenza A virus from bats // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2012. V. 109. N 11. P. 4269-4274. DOI: 10.1073/pnas.1116200109

10. Щелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи экологовирусологического мониторинга // Вопросы вирусологии. 2012. Приложение 1. С. 159-168.

11. Wu Y., Wu Y., Tefsen B., Shi Y., Gao G.F. Bat-derived influenza-like viruses H17N10 and H18N11 // Trends in Microbiology. 2014. V. 22. N 4. P. 183-191. DOI: 10.1016/j.tim.2014.01.010

12. World Health Organization. MERS situation update, January 2020.URL: http://www.emro.who.int/healthtopics/mers-cov/mers-outbreaks.html (дата обращения: 06.06.2020)

13. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015. N 2. С. 94-98.

14. Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май-июль 2015 г.): причины, динамика, выводы // Тихоокеанский медицинский журнал. 2015. N 3. С. 25-29.

15. Щелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Грипп: история, клиника, патогенез // Лечащий врач. 2011. N 10. С. 33-38.

16. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. Ред.: Д.К. Львов. Москва: Медицинское информационное агентство, 2013. 1200 с.

17. International Committee on the Taxonomy of Viruses. Virus taxonomy. The ICTV report on virus classification and taxon nomenclature. Available at: https://talk.ictvonline.org/ictvreports/ictv_online_report (accessed 06.06.2020)

18. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю., Дерябин П.Г., Богданова В.С., Федякина И.Т., Бурцева Е.И., Щетинин А.М., Самохвалов Е.И., Прошина Е.С., Кириллов И.М., Ботиков А.Г. Применение современных молекулярногенетических технологий для обеспечения биологической безопасности // Вестник Российской военно-медицинской академии. 2014. N 3. С. 115-127.

19. Lvov D.K., Shchelkanov M.Yu., Alkhovsky S.V., Deryabin P.G. Zoonotic viruses of Northern Eurasia. Taxonomy and Ecology. Academic Press, 2015, 452 p.

20. Медицинская вирусология. Ред.: Д.К. Львов. Москва: Медицинское информационное агентство, 2008. 656 c.

21. Calisher C.H., Childs J.E., Field H.E., Holmes K.V., Schountz T. Bats: Important reservoir hosts of emerging viruses // Clinical microbiology reviews. 2006. V. 19. N 3. P. 531-545. DOI: 10.1128/CMR.00017-06

22. Bats and viruses. A new frontier of emerging infectious diseases. Eds.: L.-F. Wang, C. Cowled. New Jersey, John Wiley & Sons, 2015. 405 p.

23. Fagre A.C., Kading R.C. Can bats serve as reservoirs for arboviruses? // Viruses. 2019. V. 11. N 3. 215 p. DOI: 10.3390/v11030215

24. Щелканов М.Ю., Львов Д.К., Альховский С.В., Щетинин А.М., Чумаков В.М., Дерябин П.Г. Ревизия картографических знаков некоторых арбовирусов в связи с новыми данными по их таксономии // Вопросы вирусологии. 2013. Приложение 1. С. 54-63.

25. Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Гительман А.К., Самохвалов Е.И., Ботиков А.Г. Таксономия вируса Сокулук (SOKV – Sokuluk virus) (Flaviviridae, Flavivirus, антигенный комплекс летучих мышей Энтеббе), изолированного в Киргизии от летучих мышей нетопырей-карликов (Vespertilio pipistrellus Schreber, 1774), аргасовых клещей (Argasidae Koch, 1844) и птиц // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59. N 1. С. 30-34.

26. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Самохвалов Е.И., Гительман А.К., Ботиков А.Г. Таксономия вируса Иссык-Куль (Issyk-Kul virus, ISKV; Bunyaviridae, Nairovirus), возбудителя Иссык-кульской лихорадки, изолированного от летучих мышей (Vespertilionidae) и клещей Argas (Carios) vespertilionis (Latreille, 1896) // Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58. N 5. С. 11-15.

27. Альховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Дерябин П.Г., Щетинин А.М., Самохвалов Е.И., Аристова В.А., Гительман А.К., Ботиков А.Г. Генетическая характеристика вируса Узун-Агач (Uzun-Agach – UZAV Bunyaviridae, Nairovirus), изолированного в Казахстане от остроухой ночницы Myotis blythii oxygnathus Monticelli, 1885 (Chiroptera; Vespertilionidae) // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59. N 5. С. 23-26.

28. Walker P.J., Widen S.G., Firth C., Blasdell K.R., Wood T.G., Travassos da Rosa A.P., Guzman H., Tesh R.B., Vasilakis N. Genomic characterization of Yogue, Kasokero, Issyk-Kul, Keterah, Gossas, and Thiafora viruses: nairoviruses naturally infecting bats, shrews, and ticks // American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. 2015. V. 93. N 5. P. 1041-1451. DOI: 10.4269/ajtmh.15-0344

29. Щелканов М.Ю., Магассуба Н.Ф., Дедков В.Г., Шипулин Г.А., Галкина И.В., Попова А.Ю., Малеев В.В. Природный резервуар филовирусов и типы связанных с ними эпидемических вспышек на территории Африки // Вестник РАМН. 2017. Т. 72. N 2. С. 112-119. DOI: 10.15690/vramn803

30. Щелканов М.Ю., Дедков В.Г., Галкина И.В., Магассуба Н’Ф., Зуманиги Н., Шипулин Г.А, Попова А.Ю., Малеев В.В. Районирование Африканской природноочаговой провинции в отношение филовирусных лихорадок // Вестник РАМН. 2017. Т. 72. N 5. С. 325-335. DOI: 10.15690/vramn804

31. Blitvich B.J., Firth A.E. A review of flaviviruses that have no known arthropod vector // Viruses. 2017. V. 9. N 6. id. 154. DOI: 10.3390/v9060154

32. Fagre A.C., Lee J.S., Kityo R.M., Bergren N.A., Mossel E.C., Nakayiki T., Nalikka B., Nyakarahuka L., Gilbert A.T., Peterhans J.K., Crabtree M.B., Towner J.S., Amman B.R., Sealy T.K., Schuh A.J., Nichol S.T., Lutwama J.J., Miller B.R., Kading R.C. Discovery and characterization of Bukakata orbivirus (Reoviridae, Orbivirus), a novel virus from a Ugandan bat // Viruses. 2019. V. 11. N 3. id. 209. DOI: 10.3390/v11030209

33. Zhao G., Krishnamurthy S., Cai Z., Popov V.L., Travassos da Rosa A.P., Guzman H., Cao S., Virgin H.W., Tesh R.B., Wang D. Identification of novel viruses using VirusHunter – an automated data analysis pipeline // PLoS One. 2013. V. 8. N 10. e78470. DOI: 10.1371/journal.pone.0078470

34. Ishii A., Ueno K., Orba Y., Sasaki M., Moonga L., Hang'ombe B.M., Mweene A.S., Umemura T., Ito K., Hall W.W., Sawa H. A nairovirus isolated from African bats causes haemorrhagic gastroenteritis and severe hepatic disease in mice // Nature Communications. 2014. N 5. id. 5651. DOI: 10.1038/ncomms6651