ecodagЮг России: экология, развитиеSouth of Russia: ecology, development1992-10982413-0958State Institute of Applied Ecology of the Republic of Dagestan10.18470/1992-1098-2023-4-125-133ecodag-2999Research ArticleЭКОЛОГИЯ МИКРООРГАНИЗМОВВклад рекомбинационной изменчивости ВИЧ в формирование популяции ВИЧ‐1, циркулирующих в Приморском краеThe role of recombination variability to the formation of the population the HIV‐1 population circulating in the Primorsky Krai, Russiahttps://orcid.org/0009-0007-1765-1909ХаликовМ. Р.HalikovM. R.

Максим Р. Халиков

Новосибирская область

Кольцово

Maksim R. Halikov

Novosibirsk region

Koltsovo

https://orcid.org/0000-0002-0465-1260ЕкушовВ. Е.EkushovV. E.

Василий Е. Екушов

Новосибирская область

Кольцово

Vasily E. Ekushov

Novosibirsk region

Koltsovo

https://orcid.org/0000-0002-7418-4872ТотменинА. В.TotmeninA. V.

Алексей В. Тотменин

Новосибирская область

Кольцово

Alexei V. Totmenin

Novosibirsk region

Koltsovo

https://orcid.org/0000-0001-5896-8231ГотфридЛ. Г.GotfridL. G.

Людмила Г. Готфрид

Новосибирская область

Кольцово

Ludmila G. Gotfrid

Novosibirsk region

Koltsovo

https://orcid.org/0000-0001-8466-2826СклярЛ. Ф.SklyarL. F.

Лидия Ф. Скляр

Приморский край

Владивосток

Lidiya F. Sklyar

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0009-0004-4171-5093СоловьеваН. П.SolovevaN. P.

Наталья П. Соловьева

Приморский край

Владивосток

Natalia P. Soloveva

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0009-0001-8860-2828СердцеваЕ. Н.SerdtsevaE. N.

Елена Н. Сердцева

Приморский край

Владивосток

Elena N. Serdtseva

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0009-0005-8884-8579ШпортоваМ. И.ShportovaM. I.

Марина И. Шпортова

Приморский край

Владивосток

Marina I. Shportova

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0009-0002-0704-4439МартынченкоЖ. А.MartynchenkoZh. A.

Жанна А. Мартынченко

Приморский край

Владивосток

Zhanna A. Martynchenko

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0000-0002-8099-1267БениоваС. Н.BeniovaS. N.

Светлана Н. Бениова

Приморский край

Владивосток

Svetlana N. Beniova

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0009-0001-7445-7252ЕрмолицкаяС. А.ErmolickajaS. A.

Светлана А. Ермолицкая

Приморский край

Владивосток

Svetlana A. Ermolickaja

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0000-0002-4635-4678ГореловаИ. С.GorelovaI. S.

Ирина С. Горелова

Приморский край

Владивосток

Irina S. Gorelova

Primorsky Krai

Vladivostok

https://orcid.org/0000-0002-0891-0880ГашниковаН. М.GashnikovaN. M.

Наталья М. Гашникова,  кандидат биологических наук

630559

Новосибирская область

Кольцово

Тел. +79139405479

Natalya M. Gashnikova, Ph.D.

Novosibirsk region

Koltsovo

Tel. +79139405479

nmgashnikova@gmail.comФедеральное бюджетное учреждение науки Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» РоспотребнадзораРоссияState Research Centre of Virology and Biotechnology, VectorRussian FederationГосударственное бюджетное учреждение здравоохранения «Краевая клиническая больница № 2», Центр по профилактике и борьбе со СПИДРоссияRegional Clinical Hospital No 2, Centre for Prevention and Control of AIDS and Infectious DiseasesRussian Federation202310012024184125133Copyright © Халиков М.Р., Екушов В.Е., Тотменин А.В., Готфрид Л.Г., Скляр Л.Ф., Соловьева Н.П., Сердцева Е.Н., Шпортова М.И., Мартынченко Ж.А., Бениова С.Н., Ермолицкая С.А., Горелова И.С., Гашникова Н.М., 20242024Халиков М.Р., Екушов В.Е., Тотменин А.В., Готфрид Л.Г., Скляр Л.Ф., Соловьева Н.П., Сердцева Е.Н., Шпортова М.И., Мартынченко Ж.А., Бениова С.Н., Ермолицкая С.А., Горелова И.С., Гашникова Н.М.Halikov M.R., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Gotfrid L.G., Sklyar L.F., Soloveva N.P., Serdtseva E.N., Shportova M.I., Martynchenko Z.A., Beniova S.N., Ermolickaja S.A., Gorelova I.S., Gashnikova N.M.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://ecodag.elpub.ru/ugro/article/view/2999   Цель

   Цель. Исследовать молекулярно‐эпидемиологические особенности территориального распространения ВИЧ‐инфекции и влияние рекомбинационной изменчивости на формирование популяции ВИЧ‐1 в Приморском крае.

   Материалы и методы

   Материалы и методы. Выполнен комплексный анализ молекулярно‐генетических характеристик ВИЧ‐1 и клинико‐эпидемиологических данных 127 ВИЧ‐инфицированных жителей Приморского края. Нуклеотидные последовательности области гена pol, кодирующей протеазу, обратную транскриптазу и интегразу, ВИЧ‐1 получали  секвенированием амплифицированных фрагментов вируса. Генотипирование, филогенетический и мутационный анализы проводили с использованием специализированных программных ресурсов.

   Результаты

   Результаты. В изученной выборке ВИЧ‐1, выделенных в Приморском крае, выявлено доминирование ВИЧ‐1 субтипа A6 – 40,9 %. Зарегистрирована высокая по сравнению с другими российскими регионами распространенность вирусов субтипа B – 29,9 %. ВИЧ‐1 субтипа С найден в 6,3 % исследованных образцов; циркулирующие рекомбинантные формы CRF63_02A6 – в 6,3 %, CRF02_AG – в 0,8 %. Уникальные вирусы, возникшие в результате рекомбинации ВИЧ субтипов А6 и В, А6 и С, С и В, были найдены в 15,7 % случаев (URF_А6С, URF_CB, URF_BA6). Из 18 описанных URF ВИЧ‐1 14 являлись различными вариантами URF_А6С (11 %). Анализ почти полногеномных последовательностей (NFLG) URF_А6С позволил найти и описать новый распространяющийся в Приморье геновариант ВИЧ – CRF157_A6C.

   Заключение

   Заключение. Выполненный анализ циркулирующих в Приморском крае ВИЧ‐1 подтвердил, что на территории края развивается специфическая молекулярно‐эпидемическая ситуация, для которой характерна активная передача вирусов не только субтипа А6, но и субтипов В и С, чего не наблюдается в других регионах России. Впервые на Дальнем Востоке описана высокая частота встречаемости новых возникающих уникальных рекомбинантных форм ВИЧ‐1, отдельные варианты которых начинают распространяться среди жителей Приморского края. Увеличение генетической гетерогенности вирусной популяции за счет рекомбинационной изменчивости ВИЧ является негативным прогностическим фактором развития территориальной эпидемии ВИЧ‐инфекции на Дальнем Востоке страны.

   Aim

   Aim. To research the molecular epidemiological features of the territorial spread of HIV infection and the influence of recombination variability on the formation of the HIV‐1 population in the Primorsky Krai, Russia.

   Materials and Methods

   Materials and Methods. A comprehensive analysis of the molecular genetic characteristics of HIV‐1 and clinical‐epidemiological data of 127 HIV‐infected residents of Primorsky Krai was performed. The nucleotide sequences of the pol gene region encoding protease, reverse transcriptase and integrase of HIV‐1 were obtained by the sequencing of amplified fragments of the virus. Genotyping, phylogenetic, and mutational analyses were performed using specialised software resources.

   Results

   Results. In the samples studied of HIV‐1 isolated in the Primorsky Krai, the dominance of HIV‐1 subtype A6 was detected as 40.9 %. The prevalence of subtype B viruses is high compared to other Russian regions – 29.9 %. The HIV‐1 subtype C was found in 6.3 % of the samples studied; circulating recombinant forms CRF63_02A6 – 6.3 %, CRF02_AG – 0.8 %. Unique viruses resulting from the recombination of HIV subtypes A6 and B, A6 and C, C and B were found in 15.7 % of cases (URF_A6C, URF_CB, URF_BA6). Of the 18 HIV‐1 URFs described, 14 were variants of URF_A6C (11 %). Analysis of the near full‐length genome (NFLG) of URF_A6C made it possible to find and describe a new HIV genovariant spreading in Primorye ‐ CRF157_A6C.

   Conclusion

   Conclusion. The analysis of HIV‐1 circulating in the Primorsky Krai confirmed that a specific molecular epidemic situation is developing in the region, which is characterized by active transmission of viruses not only of subtype A6, but also of subtypes B and C, which is not observed in other regions of Russia. For the first time in the Far East, a high frequency of HIV‐1 new unique recombinant forms occurrence has been described, some variants of which are beginning to spread among residents of the Primorsky Krai. An increase in the genetic heterogeneity of the viral population due to recombination variability of HIV is a negative prognostic factor for the territorial epidemic progress of HIV infection in the Far East.

ВИЧ‐1субтипыфилогенетический анализрекомбинационная изменчивостьрекомбинантные формыHIV‐1subtypesphylogenetic analysisrecombination variabilityrecombinant formsРабота выполнена в рамках выполнения Государственного задания ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» РоспотребнадзораThe work was carried out within the framework of the Vector State Research Center of Virology and Biotechnology of RospotrebnadzorReferencesDésiré N., Cerutti L., Le Hingrat Q., et al. Characterization update of HIV‐1 M subtypes diversity and proposal for subtypes A and D sub‐subtypes reclassification // Retrovirology. 2018. V. 15. N 80. doi: 10.1186/s12977-018-0461-yDésiré N., Cerutti L., Le Hingrat Q., et al. Characterization update of HIV‐1 M subtypes diversity and proposal for subtypes A and D sub‐subtypes reclassification. Retrovirology, 2018, vol. 15, no. 80. doi: 10.1186/s12977-018-0461-yBurke D.S. Recombination in HIV: an important viral evolutionary strategy // Emerging infectious diseases. 1997. V. 3. N 3. P. 253. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9284369/Burke D. S. Recombination in HIV: an important viral evolutionary strategy. Emerging infectious diseases, 1997, vol. 3, no. 3, p. 253. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9284369/Robertson D.L., Anderson J.P., Bradac J.A., Carr J.K., Foley B., et al. HIV‐1 nomenclature proposal // Science. 2000. V. 288. Iss. 5463. P. 55. doi: 10.1126/science.288.5463.55dRobertson D.L., Anderson J.P., Bradac J.A., Carr J.K., Foley B., et al. HIV‐1 nomenclature proposal. Science, 2000, vol. 288, iss. 5463, p. 55. doi: 10.1126/science.288.5463.55dPerrin L., Kaiser L., Yerly S. Travel and the spread of HIV‐1 genetic variants // The Lancet infectious diseases. 2003. V. 3. N 1. P. 22–27.Perrin L., Kaiser L., Yerly S. Travel and the spread of HIV‐1 genetic variants. The Lancet infectious diseases. 2003, vol. 3, no. 1, pp. 22–27.Wainberg M.A., Brenner B.G. The Impact of HI Genetic Polymorphisms and Subtype Differences on the Occurrence of Resistance to Antiretroviral Drugs // Molecular Biology International. 2012. V. 2012. doi: 10.1155/2012/256982Wainberg M.A., Brenner B.G. The Impact of HIV Genetic Polymorphisms and Subtype Differences on the Occurrence of Resistance to Antiretroviral Drugs. Molecular Biology International, 2012, vol. 2012. doi: 10.1155/2012/256982Kerina D., Babill S.‐P., Muller F. HIV Diversity and Classification, Role in Transmission // Advances in Infectious Diseases. 2013. V. 3. N 2. doi: 10.4236/aid.2013.32022Kerina D., Babill S.‐P., Muller F. HIV Diversity and Classification, Role in Transmission. Advances in Infectious Diseases, 2013, vol. 3, no. 2. doi: 10.4236/aid.2013.32022Vidal N., Peeters M., Mulanga‐Kabeya C., Nzilambi N., Robertson D., et al. Unprecedented Degree of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV‐1) Group M Genetic Diversity in the Democratic Republic of Congo Suggests that the HIV‐1 Pandemic Originated in Central Africa // Journal of Virology. 2000. V. 74. N 22. doi: 10.1128/jvi.74.22.10498-10507.2000Vidal N., Peeters M., Mulanga‐Kabeya C., Nzilambi N., Robertson D., et al. Unprecedented Degree of Human Immunodeficiency Virus Type 1 (HIV‐1) Group M Genetic Diversity in the Democratic Republic of Congo Suggests that the HIV‐1 Pandemic Originated in Central Africa. Journal of Virology, 2000, vol. 74, no. 22. doi: 10.1128/jvi.74.22.10498-10507.2000Tongo M., Dorfman J.R., Martin D.P. High Degree of HIV‐1 Group M (HIV‐1M) Genetic Diversity within Circulating Recombinant Forms: Insight into the Early Events of HIV‐1M Evolution // Journal of Virology. 2016. V. 90. N 5. doi: 10.1128/JVI.02302-15Tongo M., Dorfman J.R., Martin D.P. High Degree of HIV‐1 Group M (HIV‐1M) Genetic Diversity within Circulating Recombinant Forms: Insight into the Early Events of HIV‐1M Evolution. Journal of Virology, 2016, vol. 90, no. 5. doi: 10.1128/JVI.02302-15Hemelaar J., Elangovan R., Yun J., Dickson‐Tetteh L., Fleminger I., et al. Global and regional molecular epidemiology of HIV‐1, 1990–2015 : a systematic review, global survey, and trend analysis // The Lancet Infectious Diseases. 2019. V. 19. Iss. 2. P. 143–155. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30647-9Hemelaar J., Elangovan R., Yun J., Dickson‐Tetteh L., Fleminger I., et al. Global and regional molecular epidemiology of HIV‐1, 1990–2015 : a systematic review, global survey, and trend analysis. The Lancet Infectious Diseases, 2019, vol. 19, iss. 2, pp. 143–155. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30647-9Abidi S.H., Aibekova L., Davlidova S., et al. Origin and evolution of HIV‐1 subtype A6 // PLoS ONE. 2021. V. 16. N 12. doi: 10.1371/journal.pone.0260604Abidi S.H., Aibekova L., Davlidova S., et al. Origin and evolution of HIV‐1 subtype A6. PLoS ONE, 2021, vol. 16, no. 12. doi: 10.1371/journal.pone.0260604Schlösser M., Kartashev V., Mikkola V.H., et al. HIV‐1 Sub‐Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia // Viruses. 2020. V. 12. N 4. P. 475. doi: 10.3390/v12040475Schlösser M., Kartashev V., Mikkola V.H., et al. HIV‐1 Sub‐Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia. Viruses, 2020, vol. 12, no. 4, p. 475. doi: 10.3390/v12040475Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV‐1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2014. V. 30. N 6. P. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV‐1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia. AIDS Res Hum Retroviruses, 2014, vol. 30, no. 6, pp. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196Таенкова И.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Котова В.О., Базыкина Е.А. Анализ эпидемиологической ситуации распространения ВИЧ‐инфекции в Дальневосточном федеральном округе за 2016–2020 // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2022. Т. 41. С. 44–52.Taenkova I.O., Trocenko O.E., Balahonceva L.A., Kotova V.O., Bazykina E.A. Analysis of the epidemiological situation of the spread of HIV infection in the Far Eastern Federal District for 2016–2020. Dal'nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii [Far Eastern Journal of Infectious Pathology]. 2022, vol. 41, pp. 44–52. (In Russian)Котова В.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Троценко О.Е. Циркулирующих рекомбинантных форм ВИЧ‐1 на территориях Дальневосточного Федерального Округа // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2021. Т. 40. С. 79–87.Kotova V.O., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A., Trotsenko O.E. Circulating recombinant forms of HIV‐1 in constituent entities of the Far Eastern Federal District. Dal'nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii [Far Eastern Journal of Infectious Pathology]. 2021, vol. 40, pp. 79–87. (In Russian)Sivay M.V., Totmenin A.V., Zyryanova D.P., Osipova I.P., Nalimova T.M., et al. Characterization of HIV‐1 Epidemic in Kyrgyzstan // Frontiers in Microbiology. 2021. V. 12. doi: 10.3389/fmicb.2021.753675Sivay M.V., Totmenin A.V., Zyryanova D.P., Osipova I.P., Nalimova T.M., et al. Characterization of HIV‐1 Epidemic in Kyrgyzstan. Frontiers in Microbiology, 2021, vol. 12. doi: 10.3389/fmicb.2021.753675Lebedev A., Pasechnik O., Ozhmegova E., Antonova A., Blokh A., et al. Prevalence and spatiotemporal dynamics of HIV‐1 Circulating Recombinant Form 03_AB (CRF03_AB) in the Former Soviet Union countries // PLOS ONE. 2021. V. 16. N 2. doi: 10.1371/journal.pone.0247611Lebedev A., Pasechnik O., Ozhmegova E., Antonova A., Blokh A., et al. Prevalence and spatiotemporal dynamics of HIV‐1 Circulating Recombinant Form 03_AB (CRF03_AB) in the Former Soviet Union countries. PLOS ONE, 2021, vol. 16, no. 2. doi: 10.1371/journal.pone.0247611Halikov M.R., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Gashnikova N.M., et al. Identification of a novel HIV‐1 circulating recombinant form CRF157_A6C in Primorsky Territory, Russia // Journal of Infection. 2023. doi: 10.1016/j.jinf.2023.11.005Halikov M.R., Ekushov V.E., Totmenin A.V., Gashnikova N.M., et al. Identification of a novel HIV‐1 circulating recombinant form CRF157_A6C in Primorsky Territory, Russia. Journal of Infection, 2023. doi: 10.1016/j.jinf.2023.11.005Котова В.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Троценко О.Е. Распространение циркулирующих рекомбинантных форм ВИЧ‐1 на территориях Дальневосточного Федерального Округа // Материалы Межрегиональной конференции «Молекулярная диагностика и биобезопасность – 2023», Москва, 27–28 апреля, 2023. С. 92–93.Kotova V.O., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A., Trotsenko O.E. Rasprostranenie tsirkuliruyushchikh rekombinantnykh form VICh‐1 na territoriyakh Dal'nevostochnogo Federal'nogo Okruga [Distribution of circulation of recombinant forms of HIV‐1 in the territories of the Far Eastern Federal District]. Materialy mezhregional'noi konferentsii «Molekulyarnaya diagnostika i biobezopasnost' – 2023», Moskva, 27–28 aprelya 2023 [Proceedings of the interregional conference “Molecular diagnostics and biosafety – 2023”, Moscow, 27–28 April 2023]. Moscow, 2023, pp. 92–93. (In Russian)Котова В.О., Базыкина Е.А., Балахонцева Л.А., Троценко О.Е. Возможность использования результатов молекулярно‐генетического типирования ВИЧ‐1 в эпидемиологической практике в Дальневосточном Федеральном Округе Российской Федерации // Дальневосточный Журнал Инфекционной Патологии. 2020. T. 38. C. 69–79.Kotova V.O., Bazykina E.A., Balakhontseva L.A., Trotsenko O.E. Application of results of HIV‐1 molecular‐genetic typing in epidemiological practice in the Far Eastern Federal District of the Russian Federation. Dal'nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii [Far Eastern Journal of Infectious Pathology]. 2020, vol. 38, pp. 69–79. (In Russian)Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А. Молекулярно‐генетическая характеристика вариантов ВИЧ‐1, выделенных в субъектах Дальневосточного Федерального Округа // Вопросы вирусологии. 2019. T. 64. N 2. C. 79–89. doi: 10.18821/0507-4088-2019-64-2-79-89Kotova V.O., Trotsenko O.E., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A. Molecular genetic characteristics of HIV‐1 variants isolated in the subjects of the Russian Far East. Problems of Virology, 2019, vol. 64, no. 2, pp. 79–89. (In Russian) DOI: 10.18821/0507-4088-2019-64-2-79-89Баукова Н.Г., Карпова М.И., Киселева В.Ю., Кривобород Л.Н., Новобрицкая Я.В., Филонова Е.А., Храмкова В.А. Социально‐экономическое положение Приморского края // Приморскстат. 2023. C. 93. URL: https://25.rosstat.gov.ru/storage/mediabank/%D1%8F%D0%BD%D0%B2%D0%B0%D1%80%D1%8C-%D0%BE%D0%BA%D1%82%D1%8F%D0%B1%D1%80%D1%8C%202023.pdf (дата обращения: 04. 12. 2023)Baukova N.G., Karpova M.I., Kiseleva V.Yu., Krivoborod L.N., Novobritskaya Ya.V., Filonova E.A., Khramkova V.A. Sotsial'no‐ekonomicheskoe polozhenie Primorskogo kraya [Socio‐economic situation of Primorsky Krai]. 2023, p. 93. Available at: URL: https://25.rosstat.gov.ru/storage/mediabank/%D1%8F%D0%BD%D0%B2%D0%B0%D1%80%D1%8C-%D0%BE%D0%BA%D1%82%D1%8F%D0%B1%D1%80%D1%8C%202023.pdf (accessed 04. 12. 2023)Los Alamos National Laboratory HIV Sequence Database. URL: https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/mainpage.html (дата обращения: 04. 12. 2023)Los Alamos National Laboratory HIV Sequence Database. Available at: https://www.hiv.lanl.gov/content/sequence/HIV/mainpage.html (accessed 04. 12. 2023)Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11 // Molecular Biology and Evolution. 2021. V. 38. Iss. 7. P. 3022–3027. doi: 10.1093/molbev/msab120Tamura K., Stecher G., Kumar S. MEGA11: molecular evolutionary genetics analysis version 11. Molecular Biology and Evolution, 2021, vol. 38, iss. 7, pp. 3022–3027. doi: 10.1093/molbev/msab120Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. V. 30. Iss. 22. P. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets. Bioinformatics, 2014, vol. 30, iss. 22, pp. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531Nguyen L.T., Schmidt H.A., Von Haeseler A., Minh B.Q. IQ‐TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum‐likelihood phylogenies // Molecular Biology and Evolution. 2015. V. 32. Iss. 1. P. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300Nguyen L.T., Schmidt H.A., Von Haeseler A., Minh B.Q. IQ‐TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum‐likelihood phylogenies. Molecular Biology and Evolution, 2015, vol. 32, iss. 1, pp. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300Siepel A.C., Halpern A.L., Macken C., Korber B.T. A computer program designed to screen rapidly for HIV type 1 intersubtype recombinant sequences // AIDS Research and Human Retroviruses. 1995. V. 11. P. 1413–1416. doi: 10.1089/aid.1995.11.1413Siepel A.C., Halpern A.L., Macken C., Korber B.T. A computer program designed to screen rapidly for HIV type 1 intersubtype recombinant sequences. AIDS Research and Human Retroviruses, 1995, vol. 11, pp. 1413–1416. doi: 10.1089/aid.1995.11.1413Schultz A.‐K., Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: Improving the reliability of recombination prediction in HIV‐1 // Nucleic Acids Research. 2009. V. 37. Iss. 2. P. 647–665. doi: 10.1093/nar/gkp371Schultz A.‐K., Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: Improving the reliability of recombination prediction in HIV‐1. Nucleic Acids Research, 2009, vol. 37, iss. 2, pp. 647–665. doi: 10.1093/nar/gkp371Martin D.P., Posada D., Crandall K.A., Williamson C. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints // AIDS Research and Human Retroviruses. 2005. V. 21. N 1. P. 98–102. doi: 10.1089/aid.2005.21.98Martin D.P., Posada D., Crandall K.A., Williamson C. A modified bootscan algorithm for automated identification of recombinant sequences and recombination breakpoints. AIDS Research and Human Retroviruses, 2005, vol. 21, no. 1, pp. 98–102. doi: 10.1089/aid.2005.21.98Neogi U., Haggblom A., Santacatterina M., Bratt G., Gisslen M., et al. Temporal Trends in the Swedish HIV‐1 Epidemic: Increase in Non‐B Subtypes and Recombinant Forms over Three Decades // PLoS ONE. 2014. V. 9. N 6. doi: 10.1371/journal.pone.0099390Neogi U., Haggblom A., Santacatterina M., Bratt G., Gisslen M., et al. Temporal Trends in the Swedish HIV‐1 Epidemic: Increase in Non‐B Subtypes and Recombinant Forms over Three Decades. PLoS ONE, 2014, vol. 9, no. 6. doi: 10.1371/journal.pone.0099390Таенкова И.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Котова В.О., Троценко О.Е. Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ инфекции в Дальневосточном федеральном округе на современном этапе (краткий анализ за 2022) // Дальневосточный Журнал Инфекционной Патологии. 2023. Т. 44. С. 53–57.Taenkova I.O., Balahonceva L.A., Bazykina E.A., Kotova V.O., Trocenko O.E. Epidemiological situation of HIV infection in the Far Eastern Federal District at the present stage (brief analysis for 2022). Dal'nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii [Far Eastern Journal of Infectious Pathology]. 2023, vol. 44, pp. 53–57. (In Russian)

The authors declare that there are no conflicts of interest present.