ecodagЮг России: экология, развитиеSouth of Russia: ecology, development1992-10982413-0958State Institute of Applied Ecology of the Republic of Dagestan10.18470/1992-1098-2021-1-45-52ecodag-2163Research ArticleЭКОЛОГИЯ МИКРООРГАНИЗМОВБиологические свойства вируса гриппа H6N8‐субтипа, выделенного от диких птиц на юге Западной СибириBiological characteristics of influenza virus subtype H6N8 isolated from wild birds in the south of Western Siberiahttps://orcid.org/0000-0003-1855-8646ЛиСиньсиньLiX.

Синьсинь Ли, аспирант

630090 Россия, г. Новосибирск, ул. Пирогова, 2.

Тел. +79232210977

Xinxin Li, graduate student2 Pirogova St, Novosibirsk, Russia 630090. Tel. +79232210977

xinxinli@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7780-1485ДубовицкийН. А.DubovitskiyN. A.

 Никита А. Дубовицкий.

Новосибирск.

Nikita A. Dubovitskiy.

Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-5984-0819ДёркоА. А.DerkoA. A.

 Анастасия А. Дёрко.

Новосибирск.

Anastasiya A. Derko.

Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-5784-0073ГлущенкоА. В.GlushchenkoA. V.

Александра В. Глущенко.

Новосибирск.

Alexandra V. Glushchenko.

Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-4561-6517СоболевИ. А.SobolevI. A.

Иван А. Соболев.

Новосибирск.

Ivan A. Sobolev.

Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-3597-1283ДрузякаА. В.DruzyakaА. V.

Алексей В. Друзяка.

Новосибирск.

Aleksey V. Druzyaka.

 Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-7353-0497МеджидоваМ. М.MedzhidovaМ. М.

Марьям М. Меджидова.

Махачкала.

Maryam M. Medzhidova.

Makhachkala.

https://orcid.org/0000-0001-8241-9013МусиноваЭ. М.MusinovaE. М.

Эльмира М. Мусинова.

 

Elmira M. Musinova.

Makhachkala.

https://orcid.org/0000-0002-3946-9872ШаршовК. А.SharshovК. A.

Кирилл А. Шаршов.

Новосибирск.

Kirill A. Sharshov.

Novosibirsk.

https://orcid.org/0000-0002-9734-0620ШестопаловА. М.ShestopalovA. М.

Александр М. Шестопалов.

Махачкала.

Alexander M. Shestopalov.

Novosibirsk.

Makhachkala.

 

Федеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины; Новосибирский национальный исследовательский государственный университетРоссияFederal Research Center of Fundamental and Translational Medicine, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences, Novosibirsk; Novosibirsk State UniversityRussian FederationФедеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медициныРоссияFederal Research Center of Fundamental and Translational Medicine, Siberian Branch, Russian Academy of SciencesRussian FederationИнститут систематики и экологии животных СО РАНРоссияInstitute of Systematics and Ecology of Animals, Siberian Branch, Russian Academy of SciencesRussian FederationДагестанский государственный медицинский университетРоссияDagestan State Medical UniversityRussian FederationФедеральный исследовательский центр фундаментальной и трансляционной медицины; Дагестанский государственный университетРоссияFederal Research Center of Fundamental and Translational Medicine, Siberian Branch, Russian Academy of Sciences; Dagestan State UniversityRussian Federation2021110420211614552Copyright © Ли С., Дубовицкий Н.А., Дёрко А.А., Глущенко А.В., Соболев И.А., Друзяка А.В., Меджидова М.М., Мусинова Э.М., Шаршов К.А., Шестопалов А.М., 20212021Ли С., Дубовицкий Н.А., Дёрко А.А., Глущенко А.В., Соболев И.А., Друзяка А.В., Меджидова М.М., Мусинова Э.М., Шаршов К.А., Шестопалов А.М.Li X., Dubovitskiy N.A., Derko A.A., Glushchenko A.V., Sobolev I.A., Druzyaka А.V., Medzhidova М.М., Musinova E.М., Sharshov К.A., Shestopalov A.М.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://ecodag.elpub.ru/ugro/article/view/2163Цель

Цель. Исследовать молекулярно‐биологические свойства вируса гриппа H6N8‐субтипа.

Материал и методы

Материал и методы. В 2016 году на юге Западной Сибири был проведён ежегодный сбор биологического материала от диких водоплавающих птиц. Культивирование вирусов гриппа А из клоакальных смывов птиц проводили в системе развивающихся куриных эмбрионов (РКЭ) путем 3 последовательных пассажей. Наличие вируса в аллантоисной жидкости определяли в реакции гемагглютинации (РГА). Первичную идентификацию вируса гриппа осуществляли методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ‐ПЦР). Субтипирование проводили при помощи массового параллельного секвенирования.

Результаты

Результаты. Впервые в России выделен вирус гриппа H6N8‐субтипа. Филогенетический анализ генов гемагглютинина (HA) и нейраминидазы (NA) штамма A/gadwall/Chany/97/2016(H6N8), полученного в ходе исследования, показал его принадлежность к Евразийским генетическим линиям вируса птичьего гриппа. В результате филогенетического анализа гена HA было установлено, что полученный изолят является близкородственным штамму A/duck/Bangladesh/25767/2015(H6N1), выделенному от утки в Бангладеш.

Заключение

Заключение. Штамм A/gadwall/Chany/97/2016(H6N8) был выделенный от серой утки (Anas strepera) в водных угодьях юга Западной Сибири, которые находятся на путях миграции и гнездования многих видов птиц. Субтип H6N8 способен распространяться между дикими водоплавающими и домашними птицами, увеличивая вероятность рекомбинации и передачи. В этой связи усиление эпизоотологического надзора за птичьим гриппом субтипа H6 среди диких птиц на территории юга Западной Сибири остается принципиально важным.

Aim

Aim. The aim is to explore the molecular and biological characteristics of influenza virus subtype H6N8.

Material and Methods

Material and Methods. Regular collecting of biological samples from wild birds was carried out in 2016 in the south of Western Siberia. Isolation of avian influenza virus strains from birds’ cloacal swabs was performed using three passages in embryonated chicken eggs. Hemagglutination assay was used to detect viruses in the allantoic fluid. Type and subtype of influenza viruses were identified using reverse transcription PCR (RT‐PCR).

Results

Results. This is the first time the avian influenza virus H6N8 subtype has been isolated in Russia. Phylogenetic analysis revealed that hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) segments of A/gadwall/Chany/97/2016(H6N8) strain genome belonged to the Eurasian lineages of avian influenza viruses. Phylogenetic analysis showed that the HA sequence of the strain was closely related to the strain isolated from a duck in Bangladesh in 2015 (A/duck/Bangladesh/25767/2015(H6N1).

Conclusion

Conclusion. Avian influenza viruses subtype H6N8 have the ability to circulate among wild waterfowl and poultry, increasing the chance of reassortment and transmission of H6 virus strains among birds. For this reason, it is of crucial importance to strengthen surveillance for avian influenza H6 subtype among wild birds in the south of Western Siberia. 

Вирус гриппа Асубтип H6N8дикие птицыген НАюг Западной СибириштаммInfluenza A virussubtype H6N8wild birdsHA genethe south of the Western SiberiastrainReferencesLamb R.A., Krug R.M. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication // Fields virology / Eds.: P.M. Howley, B.M. Fields. Philadelphia: Lippincott‐Raven. 1996. P. 1353‐1395.Lamb R.A., Krug R.M. Orthomyxoviridae: the viruses and their replication. In: Fields virology. Eds.: P.M. Howley, B.M.Fields. Philadelphia, Lippincott‐Raven, 1996, pp. 1353‐1395.Harder T.C., Vahlenkamp T.C. Influenza virus infections in dogs and cats // Veterinary immunology and immunopathology. 2010. V. 134. Iss. 1‐2. P. 54‐60. DOI: 10.1016/j.vetimm.2009.10.009Harder T.C., Vahlenkamp T.C. Influenza virus infections in dogs and cats. Veterinary immunology and immunopathology, 2010, vol. 134, iss. 1‐2, pp. 54‐60. DOI: 10.1016/j.vetimm.2009.10.009Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers T.M., Kawaoka Y. Evolution and ecology of influenza A viruses // Microbiological reviews. 1992. V. 56. Iss. 1. P. 152‐179.Webster R.G., Bean W.J., Gorman O.T., Chambers T.M., Kawaoka Y. Evolution and ecology of influenza A viruses. Microbiological reviews. 1992, vol. 56, iss. 1, pp. 152‐179.Gamblin S.J., Skehel J.J. Influenza hemagglutinin and neuraminidase membrane glycoproteins // Journal of biological chemistry. 2010. V. 285. Iss. 37. P. 28403‐28409. DOI: 10.1074/jbc.R110.129809Gamblin S.J., Skehel J.J. Influenza hemagglutinin and neuraminidase membrane glycoproteins. Journal of biological chemistry, 2010, vol. 285, iss. 37, pp. 28403‐28409. DOI: 10.1074/jbc.R110.129809Tong S., Li Y., Rivailler P., Conrardy C., Castillo D.A., Chen L.M., Recuenco S., Ellison J.A., Davis C.T., York I.A., Turmelle A.S., Moran D., Rogers S., Shi M., Tao Y., Weil M.R., Tang K., Rowe L.A., Sammons S., Xu X., Frace M., Lindblade K.A., Cox N.J., Anderson L.J., Rupprecht C.E., Donis R.O. A distinct lineage of influenza A virus from bats // Proceedings of the National Academy of Sciences. 2012. V. 109. Iss. 11. P. 4269‐4274. DOI: 10.1073/pnas.1116200109Tong S., Li Y., Rivailler P., Conrardy C., Castillo D.A., Chen L.M., Recuenco S., Ellison J.A., Davis C.T., York I.A., Turmelle A.S., Moran D., Rogers S., Shi M., Tao Y., Weil M.R., Tang K., Rowe L.A., Sammons S., Xu X., Frace M., Lindblade K.A., Cox N.J., Anderson L.J., Rupprecht C.E., Donis R.O. A distinct lineage of influenza A virus from bats. Proceedings of the National Academy of Sciences,2012, vol. 109, no. 11, pp. 4269‐4274. DOI: 10.1073/pnas.1116200109Tong S., Zhu X., Li Y., Shi M., Zhang J., Bourgeois M., Yang H., Chen X., Recuenco S., Gomez J., Chen L.M., Johnson A., Tao Y., Dreyfus C., Yu W., McBride R., Carney P.J., Gilbert A.T., Chang J., Guo Z., Davis C.T., Paulson J.C., Stevens J., Rupprecht C.E., Holmes E.C., Wilson I.A., Donis R.O. New world bats harbor diverse influenza A viruses // PLOS Pathogens. 2013. V. 9. Iss. 10. e1003657. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003657Tong S., Zhu X., Li Y., Shi M., Zhang J., Bourgeois M., Yang H., Chen X., Recuenco S., Gomez J., Chen L.M., Johnson A., Tao Y., Dreyfus C., Yu W., McBride R., Carney P.J., Gilbert A.T., Chang J., Guo Z., Davis C.T., Paulson J.C., Stevens J., Rupprecht C.E., Holmes E.C., Wilson I.A., Donis R.O. New world bats harbor diverse influenza A viruses. PLOS Pathogens, 2013, vol. 9, no. 10, e1003657. DOI: 10.1371/journal.ppat.1003657Campitelli L., Ciccozzi M., Salemi M. H5N1 influenza virus evolution: a comparison of different epidemics in birds and humans (1997‐2004) // Journal of General Virology. 2006. V. 87. Iss. 4. P. 955‐960. DOI: 10.1099/vir.0.81397‐0Campitelli L., Ciccozzi M., Salemi M. H5N1 influenza virus evolution: a comparison of different epidemics in birds and humans (1997‐2004). Journal of General Virology, 2006, vol. 87, iss. 4, pp. 955‐960. DOI: 10.1099/vir.0.81397‐0Smith G.J.D., Naipospos T.S.P., Nguyen T.D., Vijaykrishna D., Usman T.B., Hassan S.S., Nguyen T.V., Dao T.V., Bui N.A. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam // Virology. 2006. V. 350. Iss. 2. P. 258‐268. DOI: 10.1016/j.virol.2006.03.048Smith G.J.D., Naipospos T.S.P., Nguyen T.D., Vijaykrishna D., Usman T.B., Hassan S.S., Nguyen T.V., Dao T.V., Bui N.A. Evolution and adaptation of H5N1 influenza virus in avian and human hosts in Indonesia and Vietnam. Virology, 2006, vol. 350, iss. 2, pp. 258‐268. DOI: 10.1016/j.virol.2006.03.048Юрлов K.T. Миграции птиц в Азии. Новосибирск: Наука, 1977. 284 c.Yurlov K.T. Migratsii ptits v Azii [Migrations of birds in Asia]. Novosibirsk, Nauka Publ., 1977, 284 p. (In Russian)Abolnik C., Bisschop S., Gerdes T., Olivier A., Horner R. Outbreaks of avian influenza H6N2 viruses in chickens arose by a reassortment of H6N8 and H9N2 ostrich viruses // Virus Genes. 2007. V. 34. P. 37‐45. DOI: 10.1007/s11262‐006‐0007‐6Abolnik C., Bisschop S., Gerdes T., Olivier A., Horner R. Outbreaks of avian influenza H6N2 viruses in chickens arose by a reassortment of H6N8 and H9N2 ostrich viruses. Virus Genes, 2007, vol. 34, pp. 37‐45. DOI: 10.1007/s11262‐006‐0007‐6Choi Y.K., Seo S.H., Kim J.A., Webby R.J., Webster R.G. Avian influenza viruses in Korean live poultry markets and their pathogenic potential // Virology. 2005. V. 332. Iss. 2. P. 529‐537. DOI: 10.1016/j.virol.2004.12.002Choi Y.K., Seo S.H., Kim J.A., Webby R.J., Webster R.G. Avian influenza viruses in Korean live poultry markets and their pathogenic potential. Virology, 2005, vol. 332, iss. 2, pp. 529‐537. DOI: 10.1016/j.virol.2004.12.002Wang C.W., Wang C.H. Experimental selection of virus derivatives with variations in virulence from a single low‐pathogenicity H6N1 avian influenza virus field isolate // Avian diseases. 2003. V. 47. Iss. 4. P. 1416‐1422. DOI: 10.1637/6093Wang C.W., Wang C.H. Experimental selection of virus derivatives with variations in virulence from a single low‐pathogenicity H6N1 avian influenza virus field isolate. Avian diseases, 2003, vol. 47, iss. 4, pp. 1416‐1422. DOI: 10.1637/6093Woolcock P.R., Suarez D.L., Kuney D. Low‐pathogenicity avian influenza virus (H6N2) in chickens in California, 2000‐2002 // Avian diseases. 2003. V. 47. Iss. S3. P. 872‐881. DOI: 10.1637/0005‐2086‐47.s3.872Woolcock P.R., Suarez D.L., Kuney D. Low‐pathogenicity avian influenza virus (H6N2) in chickens in California, 2000‐2002. Avian diseases, 2003, vol. 47, iss. S3, pp. 872‐881. DOI: 10.1637/0005‐2086‐47.s3.872Chin P.S., Hoffmann E., Webby R., Guan Y., Peiris M., Shortridge K.F. Molecular evolution of H6 influenza viruses from poultry in Southeastern China: prevalence of H6N1 influenza viruses possessing seven A/Hong Kong/156/97 (H5N1)‐like genes in poultry // Journal of virology. 2002. V. 76. Iss. 2. P. 507‐516. DOI: 10.1128/jvi.76.2.507‐516.2002Chin P.S., Hoffmann E., Webby R., Guan Y., Peiris M., Shortridge K.F. Molecular evolution of H6 influenza viruses from poultry in Southeastern China: prevalence of H6N1 influenza viruses possessing seven A/Hong Kong/156/97 (H5N1)‐like genes in poultry. Journal of virology, 2002, vol. 76, iss. 2, pp. 507‐516. DOI: 10.1128/jvi.76.2.507‐516.2002Munster V.J., Baas C., Lexmond P., Waldenström J., Wallensten A., Fransson T., Rimmelzwaan G.F., Beyer W.E., Schutten M., Olsen B., Osterhaus A., Fouchier R.A. Spatial, temporal, and species variation in prevalence of influenza A viruses in wild migratory birds // PLoS Pathog. 2007. V. 3. Iss. 5. P. e61. DOI: 10.1371/journal.ppat.0030061Munster V.J., Baas C., Lexmond P., Waldenström J., Wallensten A., Fransson T., Rimmelzwaan G.F., Beyer W.E., Schutten M., Olsen B., Osterhaus A., Fouchier R.A. Spatial, temporal, and species variation in prevalence of influenza A viruses in wild migratory birds. PLOS Pathogens, 2007, vol. 3, iss. 5, e61. DOI: 10.1371/journal.ppat.0030061Everest H., Hill S.C., Daines R., Sealy J.E., James J., Hansen R., Iqbal M. The Evolution, Spread and Global Threat of H6Nx Avian Influenza Viruses // Viruses. 2020. V. 12. N 6. P. 673. DOI: 10.3390/v12060673Everest H., Hill S.C., Daines R., Sealy J.E., James J., Hansen R., Iqbal M. The Evolution, Spread and Global Threat of H6Nx Avian Influenza Viruses. Viruses, 2020, vol. 12, no. 6, pp. 673. DOI: 10.3390/v12060673OIE. World Organization for Animal Health. Avian influenza. URL: http://www.oie.int/animal‐health‐in‐the‐world/web‐portal‐on‐avianinfluenza/ (дата обращения: 15.12.2020)OIE. World Organization for Animal Health. Avian influenza. Available at: http://www.oie.int/animal‐health‐in‐the‐world/web‐portal‐on‐avianinfluenza/ (accessed 15.12.2020)The National Training Course on Animal Influenza Diagnosis and Surveillance. 2001. Text. Harbin, China (May 20‐26, 2001). Harbin. pp. 25‐27.The National Training Course on Animal Influenza Diagnosis and Surveillance, Harbin, 20‐26 May 2001. Harbin, 2001, pp. 25‐27.Khan S.U., Gurley E.S., Gerloff N., Rahman M.Z., Simpson N., Rahman M., Haider N., Chowdhury S., Balish A., Zaman R.U., Nasreen S., Chandra Das B., Azziz‐Baumgartner E., Sturm‐Ramirez K., Davis C.T., Donis R.O., Luby S.P. Avian influenza surveillance in domestic waterfowl and environment of live bird markets in Bangladesh, 2007‐2012 // Scientific reports. 2018. V. 8. N 1. Article number: 9396. DOI: 10.1038/s41598‐018‐27515‐wKhan S.U., Gurley E.S., Gerloff N., Rahman M.Z., Simpson N., Rahman M., Haider N., Chowdhury S., Balish A., Zaman R.U., Nasreen S., Chandra Das B., Azziz‐Baumgartner E., Sturm‐Ramirez K., Davis C.T., Donis R.O., Luby S.P. Avian influenza surveillance in domestic waterfowl and environment of live bird markets in Bangladesh, 2007‐2012. Scientific reports, 2018, vol. 8, no. 1, article number: 9396 9396. DOI: 10.1038/s41598‐018‐27515‐w

The authors declare that there are no conflicts of interest present.